Het bestuur van de VNR wordt gevormd door het dagelijks bestuur en de voorzitters en vice voorzitters van de taakgroepen. Het bestuur vergadert vier keer per jaar.
De samenstelling van het bestuur is als volgt:
Nelly Kalfs
Voorzitter VNR, burgemeester gemeente Lingewaard
Remco van de Ven
Secretaris en penningmeester
Jan Lock
Vice voorzitter taakgroep Rijn/Waal, wethouder gemeente Molenlanden
Erik Faber
Voorzitter taakgroep IJssel, wethouder gemeente Kampen
Sjoerd Wannet
Vice voorzitter taakgroep IJssel, wethouder gemeente Zutphen
Marij Pollux
Voorzitter taakgroep Maas, wethouder gemeente Venlo
Dolf Warris
Vice voorzitter taakgroep Maas, wethouder gemeente Oss
Edmee van der Hoeven
Ambtelijk secretaris